O projeto pedagógico nacional do PROFMAT oferece atividades presenciais e a distância, as quais são organizadas em disciplinas obrigatórias, disciplinas eletivas e Dissertação de Mestrado, conforme a Matriz Curricular definida pela Comissão Acadêmica Nacional, disponível em http://www.profmat-sbm.org.br/rotina-academica/matriz-curricular.

As disciplinas nos períodos letivos regulares (ou seja, exceto nos períodos de verão) têm duração de 12 (doze) semanas. As aulas ocorrerão nos finais de semana (sexta: tarde e noite e sábado: manhã e tarde) em todas as semanas. O discente deve dedicar, pelo menos 6 (seis) horas por semana por disciplina para leitura dos textos, resolução das listas de exercícios e outras atividades. As disciplinas em período de verão (janeiro e/ou fevereiro) são ministradas em regime presencial.

O calendário acadêmico será definido pelo IFPI, obedecendo as seguintes regras gerais:
a) As aulas se darão em três a quatro semanas, durante os meses de janeiro e/ou fevereiro;
b) Para cada disciplina, a carga horária mínima presencial será de 60 horas.